La chiesa faceva parte, al tempo degli Angioini, delle 23 chieseelevate a parrocchia per rendere possibile alle donne di frequentarele funzioni senza essere infastidite dai soldati francesi.Della chiesa di San Clemente non restano che poche tracceriferibili sostanzialmente all’abside. La chiesa risulta già profanata nel seicento quando, il complesso grottale in cui è inserita, venne usato come struttura produttiva denominata la cupola dei mulinidi San Clemente