La chiesa della Madonna del Giglio si fa risalire circa al XII-XIII secolo. L’affresco raffigurante una Madonna in trono con Bambino in grembo nella lunetta absidale ed una serie di gigli rossi stilizzati lungo la cornice interna dell’arco di ingresso hanno suggerito la denominazione della cripta.Il monastero rupestre annesso alla Madonna del Giglio, adibito fino ad epoca recentissima a rifugio dei pastori ed a ricovero delle loro mandrie, venne trasformato durante il XVI secolo in una postazione di vedetta. L’interno della cripta è a pianta rettangolare con un sedile ricavato dallo scavo, che corre lungo le pareti laterali. In fondo, entro una piccola nicchia e su una pedana, vi è l’altare. Altri due ambienti affiancano la cripta: una cappella posta a sinistra della cripta che si presenta a forma rettangolare. Sul fondo sono stati ricavati due gradini che probabilmente dovevano accogliere l’altare. La cappella posta a destra della cripta presenta una pianta a forma irregolare.La cripta e le due cappelle attigue sono interamente ricavate dallo scavo nel banco calcarenitico.