Fra il Conservatorio di San Giuseppe, in alto e la cripta di San Benedetto, in un piano superiore alla strada della Madonna delle Virtù si trova la cripta della Civita. L’ingresso non ha alcun segno distintivo, dopo un’ampia aula vi sono due archi parabolici divisi da un esile pilastro. Il presbiterio è caratterizzato da un ampio arco di fondo che prende tutta la parete nella quale, decentrato, è inscritto l’arco dell’abside, poco evidente per la presenza di un muro costruito nella parte anteriore.